في اليوم الأول اكتفت اسرائيل بالقصف الجوي، لكنها أرسلت مدرعاتها الى سيناء لتبدأ باحتلال الأرض المصرية. ديان كان يخطط لاحتلال قطاع غزة في مرحلة لاحقة، لكنه غير رأيه وأمر ببدء العمليات لتنفيذ المخطط المعد لاحتلال هذا القطاع. في اليوم الثاني قرر الجيش الاسرائيلي بدء عملية تدمير لسلاح المدرعات المصري واحتلال شرم الشيخ (المنطقة المشرفة على مضائق تيران) واحتلال كل الضفة الغربية لنهر الأردن واحتلال بانياس وتل العزيزات في الجولان والاعداد للدخول الى جبل سكوبوس في القدس. وقد اعترض رابين على احتلال مدن في الضفة الغربية فأجابه ديان: اذهب وأوجد طريقة مع الأردنيين لوقف النار. انهم يحاولون خوض حرب أكبر منهم وعليهم أن يدفعوا الثمن. واضاف ديان انه يريد أن يتم احتلال بلدة يعبد الفلسطينية قرب جنين لأنها بلدة تاريخية، فيها سلم أبناء يعقوب أخاهم يوسف، ولا بد من آثار مهمة هناك. وديان كان معروفا بجمع الآثار القديمة.
في ظهيرة اليوم بثت اذاعة لندن ان الحرب شارفت على الانتهاء، فسارع عدد من الوزراء الى اشكول مطالبين إياه باصدار أمر باحتلال القدس. فوافق على بحث الموضوع في جلسة الحكومة، وفي الوقت نفسه تم ارسال وزير الخارجية إيبان، الى نيويورك ليحاول بقدر مستطاعه أن يعرقل ويماطل في صدور قرار في مجلس الأمن يوقف الحرب. وقبل أن يصل إيبان الى الولايات المتحدة تم سقوط بعض أحياء القدس الشرقية بأيدي اسرائيل، وقد اعترفوا بأنهم تعرضوا هنا لمقاومة شديدة أدت الى سقوط عشرات القتلى الاسرائيليين. ولم يتمكنوا من احتلال بقية الأحياء.
في اليوم الثالث للحرب سقطت القدس. واستمر احتلال سيناء وبدأت الأنباء تتحدث عن تشتت القوات المصرية بلا هدف في الصحراء وموت العديدين من العطش والجوع وضربات الشمس. وآخرون قتلوا برصاص جنود اسرائيليين لم يرغبوا في أخذهم للأسر حتى لا يتحولوا عبئا عليهم. ومع أن اسرائيل تقول ان تلك حوادث فردية، إلا انها تحولت الى ظاهرة لا يعرف عدد ضحاياها حتى اليوم. في هذا اليوم أيضا تسبب اشكول في أزمة مع الولايات المتحدة. فقد سئل في لقاء مع سكرتيرة حزبه إذا ما كانت الحرب ضرورية ولماذا لم يعتمد على الوعد الأميركي بتوفير حماية للسفن الأميركية. فراح اشكول يهاجم جونسون ويقول عنه انه نمر من ورق يقول ولا يفعل ويتعهد ولا يفي. وقد اغتاظ الأميركيون واشتكوا رسميا، فاعتذر الإسرائيليون قائلين إنها سكرة النصر.
في الرابع والخامس والسادس من الحرب تفرغ الجيش الاسرائيلي لهضبة الجولان وجبل الشيخ بشكل خاص، وكان القتال فيهما ضاريا. في مرحلة معينة من يوم القتال الأول أبدى ديان استعدادا لوقف الحرب لأن السوريين يقتلون بشراسة ويوقعون القتلى في صفوف الاسرائيليين. إلا ان اشكول سأله إن كان سيحاول الاستمرار بعض الوقت لعله يسيطر على مناطق أخرى تبعد الجيش السوري عن الحدود. ولكن في اليوم الرابع من الحرب أضيفت أزمة أخرى مع الولايات المتحدة، حيث ان اسرائيل قصفت وأغرقت سفينة التجسس الأميركية «ليبرتي» أمام ساحل العريش، فقتل 37 من ركابها وجرح 171. لم يتوقع الأميركيون ان هذه الفعلة اسرائيلية واتهموا روسيا في البداية. وعندما اعترفت اسرائيل بالعملية واعتذرت تقرر اجراء تحقيق مشترك في الموضوع، ولم تنشر نتائج التحقيق الكاملة حتى اليوم.