ما لبث مشار أن استقال من مناصبه الحكومية في فبراير/شباط 2000 بضغط من دول غربية -على رأسها الولايت المتحدة- ومنظمات غير حكومية، فاستأنف نشاطه العسكري ضد الخرطوم التي اتهمها بإرسال قوات لمحاربة مقاتليه في الجنوب.
أعلن مشار في 28 مايو/أيار 2001 عودته إلى صفوف الحركة الشعبية بعد قطيعة دامت عشر سنوات مع حليفه السابق جون قرنق.
كان مشار -خلال مسيرة التفاوض مع الخرطوم لتسوية الصراع الطويل بين الجنوب والشمال- يصر على الانفصال الكامل عن جمهورية السودان، ولذلك أعلن رفضه المبادرة المصرية الليبية بشأن حل قضية جنوب السودان المقدمة عام 1999 التي تنص على ضرورة المحافظة على وحدة السودان، ودعم بقوة مبادرة السلام التي قدمتها منظمة "الإيغاد" ودعمها الغرب.
وقعت الحركة الشعبية اتفاقية نيفاشا للسلام الشامل مع الحكومة السودانية في 2005التي شكلت بمقتضاها حكومة خاصة بالشطر الجنوبي، وإثر الموت المفاجئ لزعيمها قرنق -في نفس العام- عينت في 11 أغسطس/آب 2005 مشار نائبا لرئيس حكومة جنوب السودان
سلفا كير ميارديت الذي خلف قرنق.
شغل مشار منصب نائب رئيس جمهورية جنوب السودان بعد إعلان الجنوب دولة مستقلة في يوليو/تموز 2011، وكان هو من رفع علمها على مبنى
الأمم المتحدة في
نيويورك، وظل في هذا المنصب إلى أن أقاله الرئيس سلفا كير في يوليو/تموز 2013.
اندلع قتال بين الرئيس كير ونائبه السابق مشار في منتصف ديسمبر/كانون الأول 2013 بعد وقوع
اشتباك مسلح في مقر حرس الرئاسة واتهام الرئيس لنائبه بمحاولة انقلاب عسكري عليه، وهو ما نفاه النائب واعتبره "فكرة سخيفة"، ثم تحول القتال بين الرجلين إلى صراع بين قبيلتيهما الكبيرتين: الدينكا (قبيلة كير) والنوير (قبيلة مشار).
وبمقتضى اتفاق السلام المبرم خلال 2015 عاد مشار إلى
جوبا في أبريل/نيسان 2016 وتسلم منصب نائب الرئيس الذي كان يشغله حتى نهاية العام 2013. وتم في نهاية الشهر نفسه تشكيل
حكومة وحدة وطنية.
لكن برغم ذلك، ظل جنوب السودان على صفيح ساخن منذ الانفصال عن السودان، حيث لم تكد الاشتباكات المسلحة بين الجانبين تنقطع، كان من أشدها اشتباك كبير في جوبا خلف نحو ثلاثمئة قتيل في الأسبوع الأول من يوليو/تموز 2016 استخدمت خلاله الأسلحة الثقيلة.
وقد سارع كل من رياك مشار والرئيس سيلفاكير ميارديت إلى مطالبة أنصارهما بوقف القتال، غير أن تقارير إعلامية تحدثت عن استمرار الاشتباكات بشكل متقطع في مناطق مختلفة.
وضع دفع الأمين العام للأمم المتحدة
بان كي مون لمطالبة
مجلس الأمن الدولي باتخاذ إجراءات تشمل فرض حظر على توريد السلاح إلى دولة جنوب السودان، وتوسيع العقوبات على القادة السياسيين والعسكريين الذين يعرقلون تنفيذ اتفاق السلام.
كما طلب بان تعزيز قوات حفظ السلام الأممية في جنوب السودان بوسائل تشمل مروحيات هجومية لتمكينها من حماية المدنيين، وحث الدول المساهمة في هذه المهمة على عدم الانسحاب منها، وسط تقارير تحدثت عن فرار عشرات الآلاف من القتال الذي دار في جوبا.